Yamaha R3 2019 và R25 2019 được coi là phiên bản nâng cấp giữa vòng đời với thiết kế mang kiểu dáng của R3, bổ sung thêm loạt trang bị tiêu chuẩn mới cho chiếc xe.
Với phiên bản 2019, lấy cảm hứng từ chiếc superbike R1 và ảnh hưởng từ mẫu xe đua MotoGP YZR M1, Yamaha đã thiết kế lại một nửa thân xe của R3. Phiên bản R3 2019 đã có kiểu dáng tròn trịa hơn: Cặp đèn pha kép và hốc gió nằm chính giữa, R3 mới trông khá giống một số dòng superbike và sportbike khác như Honda CBR600RR 2008 hay Aprilia RSV4.
Bộ quây gió hai bên của R3 cũng đã có thiết kế hoàn toàn mới: các quây gió hai bên của R3 đã sắc sảo và mang tính khí động học hơn thế hệ cũ. Bộ quây mới cũng có cấu tạo đơn giản hơn. Ốp bình xăng của chiếc xe cũng được xẻ rãnh trang trí dạng mang cá mập như các dòng sportbike R-Series khác của Yamaha hiện tại, nhưng dung tích bình vẫn giữ nguyên 14l.
Ngoài kiểu dáng, Yamaha đã cải tiến trang bị cho R3 2019 cặp phuộc hành trình ngược USD ở phía trước, khiến cho dàn đầu xe cứng cáp hơn, ổn định hơn so với đời cũ.
Với phuộc USD, chảng ba của R3 một lần nữa cũng được thiết kế lại theo phong cách của R1, dẫn tới cặp tay lái clip-on được đặt thấp hơn một chút. Bên cạnh tay lái, các cùm công tắc cũng đã được Yamaha thiết kế lại hoàn toàn, với nút còi đổi chỗ cho công tắc xi-nhan ở cùm trái và bổ sung thêm công tắc đèn hazard ở cùm phải.
Điểm đặc biệt nữa làở bảng đồng hồ của xe đã được thay mới hoàn toàn với màn hình LCD đơn sắc có hình dáng và giao diện khá giống MT-10, nhưng ít chức năng hơn.
Ngoài ra, động cơ và hệ khung sườn của R3/R25 mới không có sự thay đổi so với phiên bản cũ. Hiện Yamaha chưa công bố chi tiết thông số kỹ thuật của xe. Với thiết kế thân xe tối ưu khí động học hơn, Yamaha khẳng định tốc độ tối đa của R3 và R25 mới đã tăng tới hơn 8km/g so với đời xe cũ. Hệ thống phanh, bánh xe và lốp cũng không có sự thay đổi nào.
Tùy từng thị trường, Yamaha R25/R3 2019 sẽ được bán với các màu xanh, đỏ mờ, trắng hoặc đen. Chiếc xe sẽ được chính thức bán ra vào khoảng tháng 3-2019 với mức giá chưa được công bố.